ניתן לבחור בין שני מסלולי לימודים:
- מסלול דו-חוגי: התמקדות באחד משני תחומי הלימוד - הארכיאולוגיה של ארץ-ישראל וסביבתה או תרבויות המזרח הקדום. יש לבחור בחוג לימודים נוסף. החוג מעודד את תלמידיו ותלמדותיו לבחור בחוג שני שתחום עיסוקו משלים את לימודי הארכיאולוגיה ותרבויות המזרח הקדום: מקרא, היסטוריה, בלשנות שמית, לימודים קלאסיים, תולדות האמנות, סוציולוגיה ואנתרופולוגיה, גאוגרפיה וסביבת האדם.
- מסלול לימודים מורחב/ חד חוגי : תלמיד במסלול זה לומד החל משנה א' בשני תחומי הלימוד בהם עוסק החוג – ארכיאולוגיה של ארץ-ישראל וסביבתה ותרבויות המזרח הקדום (כמו בשני חוגים).
בחוג שני תחומי לימוד:
א. הארכיאולוגיה של ארץ-ישראל וסביבתה
ב. תרבויות המזרח הקדום
שעורים נבחרים:
הלימודים בשני תחומי הלימוד מורכבים משיעורי חובה, שיעורי בחירה, סמינריונים, ימי סיור וחפירה לימודית
- הארכיאולוגיה מהי?
- ראשית התרבות האנושית - מבוא לפרהיסטוריה של ארץ-ישראל
- הארכיאולוגיה של ארץ-ישראל משחר ההיסטוריה ועד חורבן ירושלים
- מבוא לארכיאולוגיה קלאסית ושל ארץ-ישראל בתקופות הקלאסיות
- מבוא לתרבויות המזרח הקדום וראשית הכתב
- מבוא לתרבות מצרים הפרעונית
- מבוא לתרבות אנטוליה: החיתים
