החוג מציע שלושה תחומי לימוד:
- הארכיאולוגיה של ארץ-ישראל: תוכנית המתמקדת בארכיאולוגיה של ארץ ישראל וסביבתה למן התקופות הפרהיסטוריות ועד לשלהי התקופה הקלאסית.
- תרבויות המזרח הקדום: תוכנית המתמקדת בלשונות, בספרות, בדת ובהיסטוריה של מצרים, של מסופוטמיה, של מצרים ושל הים האגאי, וכן בארכיאולוגיה של אזורים אלה.
- תוכנית לימודי מוסמך בינתחומית (ארכיאולוגיה, היסטוריה ומקרא) לימודי ישראל הקדום (סימול 1672) - הלימודים בתוכנית זו מכוונים להעמיק את הידע בתחום הארכיאולוגיה וההיסטוריה של תקופת המקרא, ולהקנות שיטות עבודה רלבנטיות שיכשירו תלמידים לקראת מחקר עצמאי במכלול התחומים שעליהם מבוסס חקר ההיסטוריה המקראית: ארכיאולוגיה, מקרא, אפיגרפיה ותרבויות המזרח הקדום. למידע נוסף
תוכנית הלימודים של כל תלמיד תיקבע על ידי ראש החוג או על ידי יועצים שימונו מטעמו.
מסלולי הלימוד:
- מסלול מחקרי - עם עבודת גמר בהיקף של 28 ש"ס
- מסלול עיוני - ללא עבודת גמר בהיקף של 36 ש"ס
